Roma döneminde Serdika adı verilen şehir 4.yy. başlarında sağlam duvarlarla çevrili bir kale idi. 809 yılında Bulgar hanı Krum tarafından ele geçirildiğinde bu özelliğini korudu ve Sredets adı altında önemli bir stratejik idare merkezi oldu. 14. yy. sonlarında Osmanlı Devleti tarafından fethine kadar bu isimle anıldı ve Sofya adını şehir merkezinde bulunan “Aya Sofya” kilisesinden aldı.

Sultan Murat Hüdavendigar devri vezirlerinden Balaban Paşa tarafından uzun bir muhasara sonucunda fethedilen Sofya, Osmanlı Devleti’nin Bulgaristan üzerindeki hakimiyetini sağlamlaştırımak için stratejik bir öneme sahipti. Şehrin fethi ile birlikte Osmanlı Devleti’nin Balkanlar’daki ilerlemesi devam etti. 15. yy. sonlarında İhtiman’dan Niş’e kadar olan yerler Sofya sancağına bağlandı. Kanuni Sultan Süleyman döneminde Sofya Rumeli Beylerbeyliği’nin sancak merkezi oldu.

İstanbul, Belgrad, Üsküp ve Selanik yollarının kesiştiği bir noktada bulunması Sofya’nın önemini artırdı.

Ayrıca verimli ve tarıma elverişli toprakları üzerinde kurulan Sofya, 17.yy.da canlı iç ve dış ticaretin, zanaatların geliştiği bir Rumeli şehri haline geldi. Evliya Çelebi’nin 1086 dükkanı bulunduğunu ifade ettiği Sofya çarşılarında ilk ihtiyaç ve gıda maddeleri, bal, deri, balmumu, farklı zanaat ürünleri, doğu baharatları, boya, sabun, hayvansal gıdalar, ahşap ürünleri, deniz ve kaya tuzu satılıyordu. Rum, Ermeni ve Yahudi tüccarların yanısıra Bulgar tüccarların da sayısı arttı. Sofya’da bulunan 62 esnaf teşkilatından 26’sı Bulgarların eline geçti.

Sofya’da Osmanlı Devleti’nin ordu ve idari ihtiyaçlarının karşılanması için demir üretiliyordu. Kuyumculuk büyük bir gelişme gösterdi. Bunun yanısıra dericilik ve ayakkabıcılık, dokumacılık, değirmencilik, fırıncılık ve diğer pek çok zanaat gelişti.

Hayvancılığın da yaygın olduğu Sofya’da toplam 308 celepten 108’i Bulgardı. Müslüman mahallelerin çoğunlukta olduğu Sofya’davKuruçeşme, Pop Kaloyan, Sungurlar, Buzhane, Pop Malkoy, Banişor, Novosel, Belü gayr-i Müslim celeplerin yaşadıkları mahallelerdi. Ayrıca Evliya Çelebi Vitoşa yaylasında yüz binlerce koyunun otlatıldığını da kaydetmetedir. Osmanlı Devleti’nde koyun sıkıntısı görüldüğü veya görüleceği (son bahar ve kış dönemleri) dönemlerde Sofya’dan koyunlar İstanbul’a getirildirdi.

17.yy.da ticari ve idari merkez olarak gelişen Sofya’nın merkezinde inşa edilen heybetli cami, medrese, kervansarayları, han ve sarayları, meşhur şifalı ılıcaları, Vitoşa dağı eteklerinde ferahlatıcı mesireleri ve evliya ziyaretgahları şehrin ticari ve kültür hayatına zenginlik ve canlılık kattı.

XVIII. yüzyılın sonları ve XIX. yüzyılın başlarında merkezi yönetimin zayıflamaya başlaması ve bir asırdan uzun bir zaman süren gelişmelerin neticesinde Sofya’nın Osmanlı dönemindeki görünümünden bugüne pek bir şey kalmadı.

1804-1813 ve 1815-1817 yıllarındaki Sırp isyanlarıyla artan siyasi istikrarsızlığın yanısıra yaşanan doğal afetler Sofya’daki yaşamı olumsuz etkiledi.

Üstelik 3 Nisan 1818 tarihinde Sofya’da büyük bir deprem meydana geldi. Sekiz cami ve bazı büyük kamu binalar ağır hasar gördü. 1828-1829 yıllarında Rusya ile yapılan savaşta Rus askerleri Sofya’nın bir kaç kilometre uzağına kadar geldiklerinde Müslümanlar korkuyla şehri terketmeye başladı

1837 yılında, yüzyılın başından bu yana ikinci kez veba salgını baş gösterdi. Aynı yıl Sofya’yı ziyaret eden Fransız gezgin Ami Boue, terkedilen Türk mezarlığını, meydanlardaki büyük çöp yığınlarını, karanlık ve çukurlu yollardan ibaret iç karartıcı bir manzarayı tasvir etmiştir.

30 Eylül 1858 tarihinde Sofya yeni bir depremle sarsıldı. 24 camiden 19 caminin minaresi yıkıldı, 5 kilise kullanılamaz durumda kaldı. “Siyavuş Paşa” camii (eski “Sv. Sofya” antik kilisesi) haraba döndü. Hasarlar giderilmedi, şehir ancak İstanbul demiryolu hattı inşaatının başlamasıyla yavaş yavaş kalkındı.

Rus General Yosif Gurko (1828-1901) ve askerleri 1877 - 1878 kışında Sofya’ya girdiklerinde Müslümanların çoğu şehri terketmişti. Askerler çetin kış aylarında terkedilmiş evlerin ahşap kısımlarını ısınmak için kullanmışlardır. Bir kaç yıl sonra Konstantin İreçek, mahalle camilerinin çöplük olarak kullanıldığını, yeni sokakların inşası esnasında ise tamamen yıkıldıklarını bildirmiştir. İreçek, kalıntıları yakıt ve inşaat malzemesi olarak kullanılan iki minarenin yıkılmasına bizzat şahit olmuştur.

Böylece Sofya’da bulunan 30’un üzerinde Müslüman dini mabedin büyük bir kısmı Bulgaristan bağımsızlığının ilk yıllarında yıkıldı. 1878-1879 yıllarında Bulgaristan Prensliği’nin Rus İmparatorluk Komiseri Prens Aleksandır Dondukov- Korsakov (1820-1893) minarelerin büyük bir çoğunluğunun havaya uçurulması için talimat verdi. Kül olan mabetlerin üzerine yıldırım düştüğünü iddia etti.

Osmanlı mimari yapılarını hızla yıkmayı veya dönüştürmeyi amaçlayan politikanın sonucunda eski Osmanlı şehri Sofya’dan geriye hiç bir şey kalmadı. Balkanlar’ın en büyük bedesteni hiç bir iz bırakmadan yok oldu, Osmanlı konağının yerine neoklasik stilde Prenslik sarayı yapıldı.

Osmanlı dönemi Sofya’sından günümüze kadar ulaşan sadece üç cami, “Roma duvarı” olarak adlandırılan namazgah ve 16. yüzyıla ait Osmanlı kışlalarının kalıntıları oldu.

Sofya’da günümüzde “Banyabaşı” Camii ibadete açık olan tek camidir. 1567 yılında Molla Kadı Seyfullah tarafından inşa edilen camii sıcak kaplıca kaynaklarına yakınlığından dolayı bu isim ile anılmıştır. Yakınında şehrin başlıca ticaret merkezi olan Tuz pazarı ve dört han bulunuyordu.

Sofya’nın en eski ve aynı zamanda en büyük camisi halk arasında Büyük Camii veya Ulu Camii olarak bilinir. Büyük Camii’nin dokuz küçük kubbesi, caminin tarihi hakkında ipucu veriyor. Vezir-i azam Mahmut Paşa’nın emri ile 1451yılında inşaatına başlanan cami 1491 yılında tamamlandı.

Rusların şehre girdikleri 1877-1878 yıllarında cami askeri hastane olarak kullanıldı. 1880 yılında Büyük Camii arkeoloji ve matba bölümleri de içeren bir Halk kütüphanesine dönüştürüldü. Ancak binadaki yüksek nem oranı hem sanat eserlerini hem de çalışanları olumsuz etkiledi. Bir kaç yıl sonra camiyi modern müzeye dönüştürecek kapsamlı onarım başladı. 1905 yılında Halk Müzesi’nin resmi açılışı yapıldı ve daha sonra ArkeolojiMüzesi olarak kullanılmaya başladı. Büyük Camii bir değişiklik daha geçirdi. 1930 yılında müzeye salon ve idari bina eklendi. Osmanlı mimari mirası olan Büyük Camii günümüzde sergi alanı olarak kullanılmaktadır.

Sofya’daki camilerden en heybetlisi şehrin merkezinde, eskiden “Kadim” sokağı, bugün “Graf İgnatiev” olarak adlandırılan sokakta bulunuyor. Şüphesiz bu caminin kaderi Sofya’da ve belki de bütün Bulgaristan’da en garip olanıdır.

İlk bakışta bu mabetin bir zamanlar cami olduğunu söylemek zordur. Zira bugün bu bina Sofya’nın popüler ve vaftiz ile düğün için tercih edilen Sveti Sedmoçislenitsi” (yani Yedi Azizler) kilisesi olarak varlığını sürdürmektedir.

Kiliseye dönüştürülen cami 1528 ya da 1548 yılında en ünlü Osmanlı mimarı olarak tanınan Mimar Sinan tarafından inşa edildi. Minaresinin siyah kurşunla kaplı olmasından dolayı yaygın olarak Kara Camii olarak anılıyor. Ayrıca İmaret Camii olarak da biliniyor.

Cami külliyesi medrese, hamam, kütüphane, kervansaray ve imaretten oluşuyordu. Mimari unsurları o derece ahenkli ve uyumlu idi ki, Batılı gezginler bile onu abartılı bir uslüple tasvir etmiştir.

Külliyenin kaderi 1878 yılından sonra dramatik bir şekilde değişti. Bulgaristan bağımsızlığının ilk yıllarında cami depoya, medrese ise hapishaneye dönüştürüldü. Bulgaristan’ın ilk Başbakanlarından olan Petko Karavelov (1843- 1903) 1891-1894 yılları arasında buraya hapsedildi.

Karavelov aynı zamanda cephanelik olarak kullanılan Kara Camii’nin kiliseye dönüştürülmesini teklif eden kişidir. Hapisten çıktıktan bir kaç yıl sonra  bir gazetede Karavelov şöyle yazmıştır: “Güzel cami binası yıkımdan kurutulacak ve az miktar para ile Bulgaristan’ın hiç bir yerinde olmayan muhteşem bir kiliseye dönüştürülecektir. Bize dini duygularımızı kabartacak yüksek ve aydın mabetler gereklidir”.

Nitekim 1901-1903 yıllarında Kara Camii yeniden değişikliğe uğramış ve Mimar Sinan’ın bu orjinal yapıtına altar ve apsis, revak ve iki küçük ibadet odası eklenmiştir.

Osmanlı döneminde cami olarak kullanılan Gül Camii ve Siyavuş Paşa Camii ise günümüzde kilise olarak faaliyet göstermektedirler.